EndNote vs Zotero：2026年の文献管理ツールの選び方

EndNoteとZoteroを選ぶ際、見落としやすい問いがあります。次の研究プロジェクトで使うツールを選ぶのでしょうか。それとも、執筆中の原稿を移行するのでしょうか。

前者では作業習慣、共同執筆、予算が中心になります。後者では添付ファイルのパス、文献グループ、Word内の既存の引用フィールドも関係します。ライブラリを読み込めても、そのまま新しいツールで原稿の編集を続けられるとは限りません。

この EndNote vs Zotero 比較では、まず選び方を示し、続いてEndNoteからZoteroへの移行前に確認したい点を詳しく説明します。

先に結論：EndNoteとZoteroはそれぞれ誰に向いているか

新しいプロジェクトではZoteroから試し、EndNoteで既に円滑に共同作業できている場合は移行と連携の負担を先に評価しましょう。 大学のライセンスや講習、共同執筆者の環境も、実際に必要な時間を左右します。

費用：EndNoteはいくらかかるのか

個人購入・アップグレード・機関ライセンスを分ける

EndNote 2025の個人向け購入には新規、アップグレード、学生ライセンスがあり、公式購入ページでは買い切りとして案内されています。価格は地域、購入資格、ライセンス種別で異なり、機関購入は別途見積もりが必要です。

機関向けには永続的な複数ユーザーライセンスとサブスクリプションがあります。前者は将来のメジャー版を自動的に含むものではなく、後者の権利は契約期間に従います。大学経由の利用権と個人購入では、卒業・退職後の条件も異なる可能性があります。EndNote公式ライセンス文書

購入や機関利用の申請前に、次を確認してください。

1. 大学が提供する版に、使いたいAI機能が含まれているか。
2. 新規購入、アップグレード、サブスクリプションのどれを支払うか。
3. 卒業・退職、または大学の契約終了後に何が変わるか。
4. 共同執筆者が同じ原稿を開き、引用を更新し、編集を続けられるか。

価格はEndNote公式購入ページで確認し、該当地域と購入資格に対応する決済時の金額を基準にしてください。

Zoteroの無料範囲：ソフト・文献データ・添付ファイル同期

Zoteroの基本ソフトと引用機能は無料です。一般的な支出は、公式の添付ファイル用クラウドストレージです。

Zotero Storageは 300 MBまで無料で、有料プランは 2 GBが年20米ドル、6 GBが年60米ドル、容量無制限が年120米ドルです。これはクラウド上の添付ファイル容量であり、ローカルのPDF容量はパソコンのディスク空き容量によります。Zotero Storage公式料金

主に1台で作業するなら、そもそも添付ファイルの端末間同期が必要か確認しましょう。パソコンとタブレットで読む場合や研究室でPDFを共有する場合は、ストレージ費用も予算に含めます。データ同期とファイル同期の違いはZoteroの同期文書を参照してください。

比較すべきなのは、ライセンス、添付ファイル同期、チーム支援、移行時間を合計した負担です。

EndNoteからZoteroへ：ライブラリと原稿を分けて移行する

対象は文献レコード、PDF添付ファイル、グループとノート、Wordの引用という4種類です。同じデータではなく、移行手順も一致するとは限りません。

まず、中国語の著者名、多数の著者、書籍の章、カスタムフィールド、注釈付きPDFを含む少数の資料で試してください。全件移行する前に問題を見つけると、手戻りを減らせます。

手順1：元ライブラリをバックアップし、XMLで書き出す

EndNoteのライブラリと関連データフォルダを丸ごと複製し、使用中のWord原稿も別名で保存します。移行前の状態に戻せることが重要で、整形済み参考文献リストだけでは足りません。

ZoteroがEndNoteからの読み込みに推奨する形式は EndNote XMLです。.enlライブラリを直接読み込むことはできません。RISも一部の交換用途には使えますが、全体の移行は公式のXML手順から始めましょう。ZoteroのEndNote読み込みガイド

EndNoteで File → Export を開き、Save as type をXMLにします。全件を書き出すときは Export Selected References のチェックを外し、選択したレコードだけならチェックを残します。メニュー名は言語や版によって異なる場合があります。

試行用と全件用でファイル名を分け、それぞれの書き出し件数も記録してください。

手順2：XMLと添付ファイルの相対位置を維持する

PDFの移行では、XMLが添付フォルダに対してどこにあるかが重要です。公式手順に従い、XMLを該当するEndNoteの.Dataフォルダに保存します。その中のPDFサブフォルダには入れず、元の構造を保ちます。

MyLibrary.Data/
├── exported-library.xml
└── PDF/
    └── 既存の添付フォルダとファイル

**macOSの場合：ライブラリを.enlpパッケージとして保存している場合は、FinderでControlキーを押しながらクリックし、「パッケージの内容を表示（Show Package Contents）」**を選びます。中の.enlファイルと対応する.Dataフォルダを確認し、上記のXMLをそのデータフォルダに書き出してください。既存の添付ファイル構造は保持します。EndNoteのパッケージ形式ライブラリ

書き出したらEndNoteを終了し、Zoteroの File → Import（ファイル → インポート） からXMLを選択します。XMLだけをコピーして元のデータフォルダを削除しないでください。

移行先に重要資料がある場合は、Zotero側もバックアップし、確認中は自動同期を一時停止します。複数の資料タイプでタイトル、著者、年、PDFの対応を確認してから同期を再開します。パスやメニューの詳細は公式ガイドを参照してください。

手順3：グループと特殊フィールドを確認する

件数が近くても、研究テーマ別のグループやカスタムフィールドまで保たれたとは限りません。情報の整理方法と保存先も確認しましょう。

EndNoteのグループは別途確認が必要です。重要グループの構成を記録するか、グループごとに書き出して対応するZoteroコレクションへ配置します。同じ文献が複数グループに属する場合は、逐次読み込みで重複が生じないか確認し、必要に応じて統合します。グループ移行に関するZoteroフォーラム

件数が違う場合は、まず書き出し範囲と数え方を調べ、タイトルやDOIで不足分を特定します。ノート、添付、親レコードを別々に数えている場合があります。

手順4：Word内の既存のEndNote引用はどうするか

ライブラリを読み込んでも、WordのEndNote引用フィールドはZotero用に自動変換されません。 Zoteroフォーラム：EndNote原稿の変換

原稿の段階によって方法を選びます。

手動で置き換えるなら、次の順序で確認してください。

1. EndNoteフィールドを保持した原稿を保存し、移行用コピーを作る。必要ならレイアウトと番号の比較用にPDFも出力する。
2. 単独引用、複数文献の引用、ページ指定、脚注のある短い部分から試す。
3. コピー上で旧EndNote引用を1か所ずつ削除し、該当するZotero項目を挿入する。ページ、接頭辞、接尾辞も再設定し、見た目の著者名・年だけを直さない。
4. 全引用を置き換えて確認した後、コピーの旧参考文献リストを削除し、Zoteroで新しいリストを生成する。元原稿と項目・引用位置を照合し、同じ稿を2つのツールで管理し続けない。
5. 保存して閉じ、開き直す。更新、スタイル変更、引用の追加・削除を試し、共同執筆者にも確認してもらう。

フィールドのリンク解除は通常の文字列を残すだけで、変換の完了ではありません。 復元できるコピーを保存する前に、リンク解除を最初の移行手順にしないでください。

スクリプトやODTスキャンには文書形式、引用フィールド、実行環境の条件があります。全文処理の前にコピー上で単独・複数文献の引用、ページ指定、脚注を検証します。

読み込み失敗・添付ファイル不足で先に調べること

問題のある数件を別途書き出し、少数で再現してください。フォーラムではソフトの版、出力形式、最小限の再現手順を示します。未発表資料や私的な注釈を含むサンプルは、公開前に内容を確認しましょう。

Word連携と引用スタイル：執筆を楽にするのはどちらか

どちらも本文への引用挿入、参考文献リストの管理、スタイル変更を支援します。ZoteroはWord、LibreOffice、Google Docs連携を公式に提供しており、導入前に対応版を確認できます。Zoteroのワープロ連携

時間の節約を左右するのは、しばしば次の3点です。

• 共同執筆者が開いても、同じ引用を編集し続けられるか。
• 必要な資料タイプと投稿先の書式を正しく処理できるか。
• 修訂、章のコピー、原稿の結合後も引用を更新できるか。

両方に同じ課題を与えてみましょう。書籍と中国語論文を含めて10件引用し、投稿先のスタイルへ切り替えます。出力と手順を確認するほうが、対応スタイル数を比べるより役立ちます。

医学など書式要件の厳しい分野では、スタイル適用後も雑誌名略記、著者名リストの省略規則、論文番号を確認してください。

ZoteroにもEndNoteのようなAI機能を追加できるか

EndNote 2025には、文書への質問、翻訳、要約を行う公式Research Assistantがあります。必要な権限が版とライセンスに含まれるか確認してください。公式Research Assistant紹介

Zoteroではサードパーティープラグインや外部ツールでAIワークフローを拡張できます。私たちが開発する BibGenie は、Zotero内の論文・ノートへの質問、OpenAlexによる関連研究の発見、ライブラリ整理を支援します。回答に出典が付いていれば、原資料へ戻って検証できます。製品ページと導入ガイドをご覧ください。

試用には熟知している論文を選び、研究課題、方法、限界について質問し、原文の裏付けを確認します。モデル費用、データの流れ、操作手順も含めて選びましょう。

Zoteroを選んだ方は、2026年のZoteroおすすめプラグインも参考にしてください。一度に全部入れず、作業ごとに追加できます。

Zotero・EndNote・Mendeleyの概要

詳細は Zotero vs Mendeley、無料・機関契約の選択肢は文献管理ツールの選び方を参照してください。

よくある質問

次の一歩：原稿を移す前に、少数の文献で試す

まず今の流れで改善したい点を見つけましょう。移行するなら、レコード、添付、グループを確認してからWord引用を扱います。完成間近の稿はEndNoteで仕上げ、次の研究でZoteroを試す方法もあります。

開き直した原稿で更新、編集、共同作業を続けられて初めて、移行の確認が完了します。