Construisez un système d'organisation Zotero maintenable en utilisant collections, tags et saved searches, avec la fonction d'organisation de bibliothèque de BibGenie pour organiser votre bibliothèque par lots en toute sécurité.
Les collections et les tags de Zotero permettent tous deux d'organiser les références, mais ils résolvent des problèmes différents. Une bibliothèque Zotero maintenable à long terme repose rarement uniquement sur les collections ou uniquement sur les tags. Utilisez plutôt les collections comme points d'entrée par projet ou thème, les tags comme dimensions de recherche transversales, et les saved searches pour les workflows dynamiques.
Si vous utilisez BibGenie, ce guide est plus qu'une méthodologie — il devient un workflow exécutable. La fonction d'organisation de bibliothèque de BibGenie peut inventorier vos collections, tags et items existants, proposer un plan d'organisation basé sur votre système de recherche, puis (après votre confirmation) créer des collections par lots, ajouter ou supprimer des tags, déplacer des items, et renommer ou fusionner les tags désorganisés.
Règle en une phrase
Les collections répondent : « À quel projet, cours, synthèse ou point d'entrée thématique ces références appartiennent-elles ? » Les tags répondent : « Quelles caractéristiques, méthodes, statuts, objets ou usages cette référence possède-t-elle ? »
Le rôle de BibGenie
Zotero fournit les capacités d'organisation de base — collections et tags. La fonction d'organisation de bibliothèque de BibGenie agit comme votre assistant d'organisation : elle comprend d'abord votre organisation existante, propose ensuite un plan vérifiable, puis exécute après votre approbation.
Pour une introduction complète aux capacités d'organisation de bibliothèque de BibGenie et des exemples de prompts, consultez la documentation sur la gestion de bibliothèque.
Si vous commencez tout juste à organiser votre Zotero, suivez ces règles :
| Scénario | Recommandé | Comment BibGenie aide |
|---|
| Article, cours, projet, mémoire, thèse | Collection | Génère une structure de collection de projet à partir des items sélectionnés et ajoute les références à la collection appropriée |
| Sujet de recherche, méthode, type de données, région, cadre théorique | Tag | Lit les titres, résumés et métadonnées, et suggère des tags topic/method/status cohérents |
to-read, read, important, reviewed | Colored tag ou tag normal | Ajoute ou supprime en lot des tags de statut pour votre workflow de lecture en cours |
| Ajout récent (7 jours), non lu, DOI manquant, combinaisons de tags | Saved search | Aide à concevoir des critères de recherche et des règles d'organisation ultérieures |
| Critique de livre et livre critiqué, différentes versions d'une même œuvre | Related items | Identifie les entrées potentiellement liées, mais l'établissement des relations est préférable manuellement |
| Trop de sous-collections imbriquées | À éviter | Identifie les collections trop profondes, fragmentées ou en double et suggère des fusions |
Lors de l'organisation manuelle des collections et tags Zotero, la partie chronophage n'est pas de cliquer sur des boutons — c'est de décider : quels tags sont en double, quels items appartiennent à quelle collection, quelles métadonnées manquent, et quelles opérations affectent trop d'éléments. C'est là que la fonction d'organisation de bibliothèque de BibGenie excelle.
| Tâche | Ce que BibGenie peut faire |
|---|---|
| Auditer la structure existante | Lister la hiérarchie des collections, le vocabulaire des tags, les items sous une collection ou un tag spécifique |
| Trouver des items à organiser | Localiser les items non classés, les références récemment ajoutées, les entrées sans DOI/résumé, les items par tag ou collection |
| Concevoir un schéma d'organisation | Proposer un système de classification basé sur les titres, résumés, métadonnées, tags et collections existants |
| Organiser des items par lots | Ajouter ou supprimer des tags, ajouter à des collections ou en retirer pour des items spécifiés |
| Créer des collections | Créer de nouvelles collections sous le bon parent, en plaçant éventuellement des items candidats à l'intérieur |
| Nettoyer les tags | Renommer des tags, fusionner d'anciens tags dans des tags existants, supprimer les tags inutilisés dans toute la bibliothèque |
| Organiser les collections | Renommer des collections, déplacer des collections, supprimer les collections vides ou inutiles (la suppression d'une collection ne supprime pas ses items) |
| Vérifier les métadonnées | Lire les métadonnées complètes, identifier les champs manquants et aider à les corriger lorsque des sources fiables sont disponibles |
BibGenie ne contourne jamais la confirmation
La modification des métadonnées, la création de collections, le déplacement d'items, la modification par lots des tags, le renommage ou la suppression de collections/tags sont des opérations d'écriture. BibGenie proposera des actions et attendra votre approbation. Il ne doit jamais modifier votre bibliothèque Zotero sans confirmation explicite.
Une bonne demande d'organisation à BibGenie doit inclure le périmètre, l'objectif et les contraintes :
Documentation BibGeniePlease organize the currently selected items. First read the existing collections and tags, then propose an organization plan based on titles, abstracts, and metadata.
Prefer reusing existing collections and tags; only suggest creating new ones if there is genuinely no suitable place.
Do not modify Zotero yet. First output which items will be affected, which tags will be added, and which collections will be used.Le principe derrière ce prompt est le workflow central de la fonction d'organisation de bibliothèque de BibGenie : d'abord découvrir l'état actuel, puis identifier les items à organiser, ensuite proposer un plan, et enfin exécuter.
Les collections sont les dossiers et sous-dossiers dans la barre latérale gauche de Zotero. La documentation officielle de Zotero recommande de considérer les collections comme des « listes de lecture » plutôt que comme des dossiers de système de fichiers : un même item peut apparaître dans plusieurs collections sans dupliquer la référence. La véritable bibliothèque complète reste My Library ou la bibliothèque de groupe correspondante.
Les collections fonctionnent mieux comme points d'entrée. Par exemple :
PhD Thesis2026 Systematic ReviewCourse - Research MethodsProject - AI Literature ReviewTopic - Retrieval-Augmented GenerationL'avantage est la clarté, la visibilité et la disponibilité pour les projets. Ouvrez une collection et vous voyez immédiatement les références essentielles pour ce travail.
Lorsque vous utilisez BibGenie, demandez-lui d'ébaucher une structure de collection avant de déplacer des items :
Please list my existing collections first, then decide whether the selected items can fit into existing collections.
If the existing structure isn't sufficient, design a one-to-two-level collection draft for my "literature review writing project."
Output each collection's purpose and the proposed items it would contain. Do not modify Zotero.Supprimer une collection ne supprime pas les items
La suppression d'une collection normale supprime uniquement ce point d'entrée organisationnel, pas les items qu'elle contient. Pour vraiment supprimer des items, vous devez les déplacer dans la Corbeille. Cette distinction est importante pour les nouveaux utilisateurs.
C'est aussi pourquoi BibGenie vous avertit explicitement lors de la suppression d'une collection : supprimer une collection ne fait que retirer le point d'entrée organisationnel ; les items restent dans la bibliothèque Zotero. Si une collection a des sous-collections, BibGenie refusera de supprimer directement la collection parente et vous demandera d'abord de décider du sort des sous-collections.
Les tags sont des étiquettes textuelles attachées aux items, pièces jointes et notes. Ils n'ont pas de hiérarchie mais peuvent décrire un même article sous plusieurs angles. La documentation officielle de Zotero souligne que les tags peuvent être utilisés pour le sujet, la méthode, le statut, l'évaluation ou le workflow personnel.
Les tags fonctionnent mieux comme dimensions. Par exemple :
llm-agent, scientific-discovery, citation-networksurvey, experiment, meta-analysis, case-studyclinical-trial, graduate-students, zotero-usersto-read, read, skimmed, citedintro-section, related-work, method-baselineLa puissance des tags réside dans la recherche combinatoire. Vous pouvez filtrer au sein d'une collection pour les items tagués à la fois avec llm-agent et survey, ou rechercher dans toute votre bibliothèque tout ce qui est tagué to-read et citation-network.
La force de BibGenie est de suggérer des tags par lots en fonction du contenu des items. Commencez par lui demander de seulement analyser :
Please list my existing tags first, then review the titles, abstracts, and existing tags of items in this collection.
Prefer reusing existing tags; only suggest new tags when no suitable one exists.
Finally, present recommended tags to keep, merge, add, and delete in a table. Do not modify Zotero.| Dimension | Collections | Tags |
|---|---|---|
| Organisation | Hiérarchique avec sous-collections | Plate, pas de sous-tags natifs |
| Meilleur pour exprimer | Projets, cours, articles, points d'entrée thématiques | Sujet, méthode, statut, qualité, attributs d'usage |
| Un item peut-il apparaître dans plusieurs ? | Oui | Oui |
| Préservé lors de la copie entre bibliothèques | Généralement non | Généralement oui avec l'item |
| Navigation | Forte | Modérée |
| Filtrage croisé | Modéré | Fort |
| Risque de maintenance | Gonflement des collections | Synonymes et dérive orthographique des tags |
| Granularité recommandée | Peu, stable | Plus fine possible, mais nommage cohérent |
Ne les rendez pas complètement redondants
Si vous avez déjà une collection Topic - LLM Agents, vous n'avez pas nécessairement besoin de taguer chaque item avec llm-agents, sauf si vous souhaitez rechercher ce sujet dans d'autres collections.
Lorsque vous utilisez BibGenie pour organiser, ajoutez ce principe à votre prompt :
Please avoid making tags and collections fully redundant. Don't mechanically add the same tag to every item when the collection already expresses the project membership. Only add topic tags when cross-collection search is needed.Pour la plupart des chercheurs, une structure Zotero solide comporte trois niveaux.
Ne créez pas trop de collections de premier niveau. Concevez-les comme des points d'entrée que vous ne renommergez pas fréquemment :
My Library
Inbox
Thesis
Papers
Projects
Topics
Teaching
ArchiveOu plus proches de votre domaine de recherche :
My Library
Domain - AI for Science
Domain - Bibliometrics
Domain - Human-Computer Interaction
Project - BibGenie SEO
Project - Zotero Workflow StudyNe descendez pas indéfiniment. Deux niveaux suffisent généralement :
Project - Systematic Review
01 Search Results
02 Screening
03 Included Studies
04 Background Reading
05 Cited in ManuscriptCette structure correspond au flux de travail de recherche, ce qui la rend plus pratique pour l'écriture réelle que des douzaines de subdivisions thématiques.
Les tags ne doivent pas remplacer toutes les collections. Ils sont meilleurs pour enregistrer « ce qui est autrement recherchable dans cet article » :
method:survey
method:experiment
topic:semantic-search
topic:zotero
status:to-read
status:read
use:background
use:key-citationZotero n'a pas de tags hiérarchiques natifs, mais vous pouvez simuler des espaces de noms avec des préfixes comme method:, topic:, status:. Cela réduit l'ambiguïté et facilite le balayage dans le sélecteur de tags.
Un bon système de tags ne consiste pas à avoir plus de tags, mais à être cohérent.
| Règle | Recommandé | Non recommandé |
|---|---|---|
| Utiliser des minuscules | semantic-search | Semantic Search, semantic Search |
| Utiliser des traits d'union pour les mots composés | citation-network | citation network, citation_network |
| Préfixer les catégories | method:survey | Mélange survey, surveys |
| Garder les tags de statut cohérents | status:to-read | Mélange unread, to read, todo |
| Éviter les tags trop larges | topic:llm-agent | ai, paper, research |
| Éviter les tags trop temporaires | use:intro-section | maybe-use-in-chapter-2-later |
Si vous avez déjà des tags en double, renommez l'ancien tag vers le nom cible dans le sélecteur de tags pour les fusionner. Par exemple, renommez to read en status:to-read.
Si les tags sont déjà désordonnés, demandez d'abord à BibGenie de faire un audit :
Please list the current library's tags and identify potentially duplicate or synonymous tags — for example, different casing, spaces vs hyphens, singular vs plural.
Give merge suggestions and note how many items each tag affects.
Do not execute any renaming or deletion yet.Confirmez ensuite avant d'exécuter :
I confirm the merge plan. Please rename the tag `to read` to `status:to-read`.
If `status:to-read` already exists, merge the two tags. Before executing, confirm how many items will be affected.Le renommage et la fusion de tags par BibGenie ne parcourent pas les items un par un ; ils utilisent les opérations de tags à l'échelle de la bibliothèque de Zotero. Lorsque vous renommez un ancien tag vers un nom de tag existant, Zotero les fusionne. C'est plus fiable et mieux adapté au nettoyage de tags synonymes accumulés depuis longtemps que d'ajouter manuellement de nouveaux tags et de supprimer les anciens item par item.
Zotero permet d'attribuer des couleurs à un petit nombre de tags, qui peuvent être rapidement ajoutés ou supprimés avec des touches numériques. La documentation officielle actuelle indique un maximum de 9 colored tags.
Les colored tags sont meilleurs pour les « statuts à haute fréquence », pas pour tous les sujets :
| Colored tag | Usage |
|---|---|
status:to-read | À lire |
status:reading | En cours de lecture |
status:read | Lu |
use:key-citation | Citation clé |
use:write-next | Pour un travail d'écriture à venir |
Évitez d'attribuer un statut colored tag à des tags de sujet ordinaires comme machine-learning, history ou statistics. Les sujets se multiplient avec le temps, mais les emplacements de colored tags sont limités.
BibGenie ne peut pas décider quels tags devraient occuper en permanence vos emplacements de colored tags, mais il peut identifier vos tags de type statut les plus fréquemment utilisés et suggérer s'il faut les consolider en moins de tags à haute fréquence.
Lorsque Zotero enregistre des items depuis des bases de données, des sites web ou des catalogues de bibliothèque, il importe parfois automatiquement des vedettes-matière ou des mots-clés. Ces tags automatiques peuvent parfois être utiles, mais ils créent souvent du bruit : casse incohérente, granularité désordonnée, termes trop larges et gonflement des tags.
Stratégies recommandées :
Pour désactiver : allez dans Paramètres / Préférences Zotero > Général et décochez Ajouter automatiquement aux documents des marqueurs grâce aux mots-clés et aux sujets.
Si vous n'êtes pas sûr de la valeur des tags automatiques, demandez à BibGenie de les regrouper par fréquence et sémantique :
Please check the current library's tags and list those that may be from automatic import, overly broad, or inconsistently cased. Do not delete anything, just give cleanup suggestions.Les saved searches sont comme des « collections intelligentes ». Elles stockent des critères de recherche, pas des résultats fixes, donc elles se mettent à jour automatiquement lorsque votre bibliothèque change.
Bons cas d'usage pour les saved searches :
Unread : le tag n'est pas status:readRecent Additions : items ajoutés dans les 7 derniers joursMissing DOI : items dont le DOI est videNeed Review : items tagués status:to-read dans une collection spécifiqueKey RAG Papers : items avec à la fois topic:rag et use:key-citationSi vous vous surprenez à utiliser les mêmes critères de filtre à plusieurs reprises, envisagez de créer une saved search plutôt qu'une nouvelle collection statique.
BibGenie est mieux adapté pour vous aider à concevoir des règles de saved search que pour convertir chaque tâche dynamique en collection. Par exemple :
I want to create a dynamic view of "unread RAG papers."
Please review my existing tags and collections first, then suggest Zotero saved search criteria.
If existing tags aren't suitable, explain which tags need to be standardized first.BibGenie peut également utiliser une approche similaire aux saved searches pour trouver des items à organiser, comme « items ajoutés dans les 30 derniers jours qui n'ont été placés dans aucune collection », « articles de revue sans DOI », ou « items avec d'anciens tags mais sans nouveaux tags ». Ces tâches sont mieux traitées en produisant d'abord une liste de candidats, puis en décidant des modifications par lots.
Les related items ne devraient pas remplacer les tags ou les collections. Comme discuté sur les forums Zotero, le problème avec Related est qu'il exprime seulement « deux items sont liés » sans préciser « pourquoi ils sont liés ». Il est donc meilleur pour les relations explicites en petit nombre :
Si vous voulez simplement exprimer « ces items appartiennent tous au même sujet », utilisez des tags ou des collections.
Créez une collection pour votre projet d'écriture, par ex. Project - LLM Agent Review.
Placez d'abord les articles candidats dans 01 Search Results ou Inbox.
Utilisez des tags pour marquer les sujets, méthodes et statuts, par ex. topic:tool-use, method:benchmark, status:to-read.
Après le tri, déplacez ou ajoutez les articles clés dans 03 Included Studies.
Utilisez use:key-citation, use:intro-section, use:method-section pour marquer les usages rédactionnels.
Prompt BibGenie adapté :
Please examine the `Project - LLM Agent Review` collection.
First list the existing subcollections and tags, then classify the papers into five categories following a review writing workflow: search results, screening, included, background, and cited.
Prefer using existing subcollections; justify any new ones needed.
First output a table, do not move any items yet.Après confirmation :
I confirm this classification table. Please add these items to the corresponding collections per the table, and add the `use:key-citation` tag to core papers.
After completion, summarize how many items were modified, which collections were used, and which tags were added.Créez une collection à long terme, par ex. Domain - AI for Science.
Créez un nombre limité de sous-collections seulement lorsque c'est vraiment nécessaire, par ex. Foundation Papers, Benchmarks, Applications.
Utilisez des tags à grain fin pour enregistrer les sujets, méthodes, jeux de données et sujets expérimentaux.
Vérifiez périodiquement Unfiled Items et ajoutez les items orphelins aux collections appropriées ou supprimez-les.
Prompt BibGenie adapté :
Please analyze the items in `Domain - AI for Science`.
First read the existing tags, identify 5 to 8 stable research topics, and suggest corresponding `topic:` tags.
Avoid creating too many subcollections; prefer tags unless a topic will be maintained separately long-term.Si vous ne souhaitez pas maintenir un système complexe, suivez ces règles minimales :
to-read, read, important.Un système léger qui est maintenu est plus fiable qu'un système complexe qui ne l'est pas.
Les utilisateurs légers peuvent toujours utiliser BibGenie, mais l'accent devrait être mis sur la réduction des coûts de maintenance, pas sur la génération de plus de tags :
Please classify the currently selected items into only three statuses: `status:to-read`, `status:reading`, `status:read`. If you can't determine the status, put it in `status:to-read` and show a preview first.Effectuez un ménage mensuel de votre bibliothèque Zotero :
Unfiled Items et traitez les items qui ne sont dans aucune collection.Duplicate Items et fusionnez les doublons plutôt que d'en supprimer un.methods et research-methods.Utiliser BibGenie pour une organisation assistée
Demandez à BibGenie de lister les items candidats et les modifications proposées avant d'exécuter des ajouts de tags par lots, des créations de collections, des déplacements d'items ou des vérifications de métadonnées. Pour toute opération par lot, prévisualisez d'abord et limitez le périmètre, par exemple « ne traiter que les items actuellement sélectionnés » ou « ne traiter que cette collection ».
Un prompt mensuel d'organisation BibGenie solide :
Please help me with Zotero library housekeeping:
1. First list existing collections and tags.
2. Check for unfiled items, duplicate or synonymous tags, overly deep collections, and recently added unorganized items.
3. When checking items missing DOI or abstract, consider the item type to determine whether a DOI is actually expected.
4. Only output the problem list, impact scope, and suggested actions. Do not modify Zotero.Si vous souhaitez placer les items non classés dans des emplacements appropriés, demandez à BibGenie d'exécuter une tâche plus spécifique :
Please find the most recent 50 unfiled items and determine which collections they best fit into based on existing collections.
Do not create new collections unless the existing structure clearly has no suitable place.
First output each item, the suggested collection, the reason, and your confidence level.Si vous créez une sous-collection pour chaque petit sujet, vous vous retrouverez avec des dizaines ou des centaines de collections après quelques années. Les items sont enterrés dans des arborescences profondes, ce qui les rend plus difficiles à trouver.
Lorsque vous utilisez BibGenie, ne lui demandez pas de créer des collections pour chaque petit sujet. Une meilleure instruction : « Créez des collections seulement pour les projets, cours, articles ou sujets stables à long terme ; utilisez des tags pour les concepts à grain fin. »
Si to read, ToRead, unread, todo coexistent tous, la recherche échoue. Un système de tags craint par-dessus tout la dérive des synonymes.
BibGenie peut détecter cette dérive et renommer les anciens tags vers des tags unifiés. Renommer vers un tag existant les fusionne effectivement.
Related est meilleur pour les relations explicites, pas pour lier un ensemble d'items thématiquement similaires. L'appartenance thématique devrait utiliser des tags ou des collections.
Dans Zotero, les items des sous-collections n'apparaissent pas nécessairement dans la collection parente par défaut. Modifiez ceci via View -> Show Items from Subcollections. Ce paramètre affecte votre compréhension des relations parent-enfant entre collections, il est donc préférable de le standardiser dans les workflows d'équipe.
Les tags importés automatiquement encombrent le sélecteur de tags. Sauf si vous dépendez explicitement de ces mots-clés, masquez, supprimez ou désactivez périodiquement les tags automatiques.
« Veuillez organiser toute ma bibliothèque » semble pratique mais est généralement trop large. La fonction d'organisation de bibliothèque de BibGenie est mieux adaptée pour commencer par des problèmes spécifiques, comme :
use:key-citation pour un projet d'écriture à venir.Un meilleur prompt :
Please don't organize the entire library yet. Help me diagnose the 3 most pressing categories of issues: unfiled items, duplicate tags, and missing metadata. Only output the problem scope and suggested next steps.BibGenie peut vérifier les métadonnées et aider à les corriger lorsque des sources fiables sont disponibles, mais vous ne devriez jamais demander à l'IA d'écrire son propre DOI, résumé, nom de revue, auteur ou numéro de page. Pour les écritures de métadonnées, les sources fiables doivent provenir des métadonnées existantes de Zotero, des informations fournies par l'utilisateur, du contenu d'item déjà lu, ou des requêtes de référence externes vérifiables de BibGenie.
Un bon prompt :
Please check the metadata completeness of the most recent 20 items. For entries missing a DOI or abstract, only suggest corrections when verifiable through reliable sources. Mark unverifiable items as "unconfirmed" and do not generate or guess content.Vous pouvez partir directement de ce modèle :
Collections
Inbox
Project - [Project Name]
01 Search Results
02 To Screen
03 Included
04 Background
05 Cited
Domain - [Long-term Topic]
Foundation Papers
Methods
Applications
Archive
Tags
status:to-read
status:reading
status:read
use:key-citation
use:intro-section
use:method-section
method:survey
method:experiment
method:case-study
topic:[Topic Name]BibGenie peut gérer les tags, collections, appartenance des items et certaines métadonnées, mais l'organisation de bibliothèque implique de modifier les données Zotero. Suivez toujours ce processus en quatre étapes :
Demandez à BibGenie de lire la structure existante : collections, tags et le périmètre des items à organiser.
Exigez que BibGenie privilégie la réutilisation des collections et tags existants ; n'en créez de nouveaux que s'il n'y a vraiment pas d'endroit approprié.
Demandez à BibGenie de produire le plan d'organisation, incluant les tags à ajouter, les tags à supprimer, les collections de destination, les items affectés et les opérations nécessitant une approbation.
Après confirmation manuelle, autorisez explicitement BibGenie à exécuter. Après l'exécution, demandez un résumé des modifications, des items ignorés et des tâches incomplètes.
Modèle de prompt recommandé :
Please organize the currently selected items. The goal is to establish clear Zotero collections and tags:
1. First list existing collections and tags.
2. Prefer reusing existing collections and tags; don't create similar names unnecessarily.
3. Determine which items should go into the same collection.
4. Then suggest consistent `topic:`, `method:`, `status:` tags.
5. Output which tags and collections will be added or removed for each item.
6. Do not modify Zotero yet; wait for my confirmation.Après confirmation :
I confirm the organization plan above. Please execute these changes, then summarize how many items were modified, which tags were added, and which collections were used.Pour les opérations par lots de 50+ items, soyez plus précis :
This is a large batch organization task. First give a brief plan including which existing collections/tags will be used, whether new ones are needed, how many items will be affected, and which write operations need my approval.
After I confirm, execute in focused batches by shared purpose. Do not run one operation per item.Si vous avez seulement besoin de renommer, fusionner ou supprimer un tag dans toute la bibliothèque, ne faites pas modifier les items un par un par BibGenie. Décrivez directement l'opération au niveau du tag :
Please merge the library-wide tag `methodology` into the existing tag `method:methods`.
First confirm that both tags exist and how many items are affected, then wait for my approval.Si vous avez seulement besoin de renommer ou déplacer une collection, faites opérer BibGenie sur la collection elle-même plutôt que de créer une nouvelle collection et de déplacer tous les items :
Please rename the collection `Old Thesis Reading` to `Project - Dissertation Reading`.
First list the matching collection key and its item count, wait for my confirmation, then execute.