Zotero vs Mendeley：2026 年該選哪款文獻管理工具？
比較 Zotero 與 Mendeley 的免費額度、Word 外掛、AI 功能和資料遷移，結合社群回饋解釋 Elsevier 歸屬與文獻庫退出成本。
Zotero 和 Mendeley 都能免費開始使用：前者適合重視外掛擴充套件與長期文獻庫的研究者，後者提供更大的免費官方雲端儲存空間。 已有稿件的使用者，還要先確認 Mendeley 客戶端和 Word 外掛的版本，因為它們直接影響遷移方式。
Mendeley Desktop、Mendeley Reference Manager 和 Mendeley Cite 的匯出方式與引用相容性不同，需要分別看待。選擇 Zotero 時，則應把官方附件同步額度計入使用成本。
這篇 Zotero vs Mendeley 對比按免費邊界、資料可遷移性、寫作整合和 AI 工作流展開，幫助你判斷該選哪款，以及是否值得遷移。
關於本文
本文主要比較 Zotero 與 Mendeley Reference Manager，並單獨說明舊版 Desktop 的差異。內容依據官方文件與社群討論，未進行統一環境下的效能實測。本文由 BibGenie 團隊撰寫，BibGenie 是我們開發的 Zotero AI 外掛。
先看結論：誰適合 Zotero，誰可以繼續用 Mendeley？
| 你最在意什麼 | 先考慮哪款 | 需要一起確認的條件 |
|---|---|---|
| 長期積累文獻，重視擴充套件和資料控制 | Zotero | 同時規劃附件同步、備份與外掛維護 |
| 希望免費方案提供更多官方雲端附件空間 | Mendeley | 免費方案含 2 GB 個人儲存空間，AI 與協作權益另按方案區分 |
| 已有成熟 Mendeley 協作流程 | 先保留 Mendeley | 用一份真實稿件測試後再決定是否遷移 |
| 使用 LibreOffice 或多種寫作工具 | Zotero | 提供 Word、LibreOffice 和 Google Docs 整合 |
| 論文已經大量使用 Mendeley Cite | 先保留原稿的引用工具 | Zotero 無法讀取 Cite 引用欄位，文件需單獨處理 |
| 希望在 Zotero 內配置 AI 閱讀、檢索與整理 | Zotero 加相應外掛 | 將外掛和模型服務費用單獨評估 |
新建長期研究庫可以優先試 Zotero；已有穩定 Mendeley 工作流的使用者，可以先在新專案中試用 Zotero，再評估是否遷移舊庫與舊稿。
免費方案對比：軟體、雲端空間與 AI 權益
免費文獻管理與附件同步是兩回事
Zotero 和 Mendeley 都能讓使用者以零軟體費用開始管理文獻，但免費權益的結構不同。
| 專案 | Zotero | Mendeley |
|---|---|---|
| 核心文獻管理 | 免費使用 | 有免費方案 |
| 官方免費雲端檔案空間 | 300 MB | 2 GB 個人儲存 |
| AI 功能與費用 | 透過外掛擴充套件，費用取決於外掛與模型服務 | Reading Assistant 可用資格與剩餘額度以帳戶顯示為準；更多能力按方案區分 |
2 GB 指個人儲存空間，不是群組共享空間。 Mendeley 對群組儲存另設限制，升級個人儲存也不會增加共享空間。團隊使用前應單獨核對當前群組限制。免費帳戶與共享空間說明
儲存與 AI 權益詳見 Zotero Storage 和 Mendeley Pricing，購買前請確認所需方案的額度與計費方式。
如果你的目標是“把同一批 PDF 放在多臺裝置上隨時閱讀”，Mendeley 的免費空間確實更寬裕。若主要在本地電腦工作，單看雲端容量就無法判斷哪款更合適。
遷移後還要單獨測試附件同步：在另一臺裝置上開啟幾篇 PDF，確認檔案已完整上傳。條目出現在文獻庫中，不等於對應附件已經同步完成。
一個實用的容量判斷方法
先拿一批自己平時閱讀的文獻，檢視 PDF 及補充材料的實際大小，再確認哪些附件需要跨裝置。掃描書籍、圖片較多的論文和補充資料，與普通文字 PDF 的體積差別很大，不能只用“能存多少篇論文”比較套餐。
對課題組，還需要核對共享文獻和個人文獻分別怎麼計費、成員離組後怎麼處理，以及誰負責維護附件。個人免費額度更大，不自動等於團隊協作更合適。
Mendeley 的 Elsevier 歸屬，真正影響什麼？
從公司歸屬看帳戶與資料依賴
Mendeley 於 2013 年宣佈加入 Elsevier。Mendeley 的收購公告
選擇長期使用的研究工具時，除了公司背景，還應瞭解帳戶、資料與寫作流程對平臺的依賴：
- 文獻和 PDF 存在哪，哪些任務依賴雲端帳戶？
- 關閉帳戶、換學校或遇到登入問題時，有哪些恢復路徑？
- 文獻、批註、筆記、資料夾能否分別匯出？
- 一份論文能否在更換外掛後繼續維護引用？
這些檢查也適用於其他商業平臺。帳戶恢復、匯出範圍和離線存取能力，比公司歸屬更能直接反映遷移成本。
先區分三個容易混淆的名稱
| 名稱 | 指什麼 | 為什麼要區分 |
|---|---|---|
| Mendeley Desktop | 舊版桌面客戶端 | 網上不少教程和功能印象來自這一代產品 |
| Mendeley Reference Manager | 當前的文獻管理客戶端 | 使用與舊版不同的操作、匯出和同步流程 |
| Mendeley Cite | 面向 Word 的引用載入項 | 它生成的文件欄位與舊 Desktop 外掛不同 |
Mendeley 在 2025 年宣佈，Desktop 不再開發新功能，但繼續提供必要維護，包括關鍵安全修復。Mendeley 對 Desktop 的維護說明
查詢教程或故障解決方法時，應確認資料對應的是 Desktop、Reference Manager 還是 Cite，以及所用版本。
資料出口：記錄、PDF、批註和筆記分別檢查
RIS、BibTeX 等交換格式主要傳遞文獻記錄。Zotero 的 Mendeley 匯入說明指出，這些格式不包含完整的資料夾、欄位和 PDF 批註資訊；需要遷移這些內容時，應優先測試內建的線上匯入。Zotero 的 Mendeley 匯入說明
這份指南也記錄了 Mendeley 對本地資料庫加密後，原有本地匯入方式受到限制的變化。當前線上匯入要求先把資料和附件同步至 Mendeley 伺服器。因此，可匯出文獻記錄，不等於能在離線狀態下完整遷出研究庫。試遷移時應同時檢查帳戶能否登入、附件是否上傳，以及研究材料是否允許使用相應雲服務。
如果批註是你的主要研究積累，可以另外測試匯出帶批註的 PDF：在條目的“Info → Files”中開啟檔案的三點選單，選擇“Export PDF with annotations”。但“批註能在 PDF 上看見”與“遷入後成為新軟體可編輯的批註物件”，仍然需要分別驗證。Mendeley：匯出帶批註的 PDF
Notebook 筆記、PDF 高亮與便籤需要分別驗收。Zotero 論壇中有使用者回饋，高亮和便籤已遷入，但 Notebook 內容未完整出現。批註與 Notebook 遷移討論
正式遷入整個文獻庫前，先用一小批資料測試匯出與恢復。 尤其要確認重要批註和筆記能否保留。
從 Mendeley 遷移到 Zotero：按這四個階段做
1. 先記錄來源與文件狀態
記下客戶端版本、Word 版本及載入項名稱。再選一份包含頁碼、多篇合併引用和參考文獻表的稿件，另存副本，作為遷移後的對照。
同時列出最重要的幾類內容：哪些資料夾必須保留，哪些 PDF 有批註，哪些 Notebook 裡有讀書記錄。這個清單決定你後面要驗收什麼。
2. 優先測試 Zotero 內建的線上匯入
先確認源庫的資料和附件已同步並可在 Mendeley 線上存取；更新 Zotero 後，在“檔案 → 匯入”中選擇 Mendeley 線上匯入入口，按介面完成授權。詳細操作與已知問題見官方指南。
線上匯入需要可用的 Mendeley 帳戶與服務授權。遇到登入問題時，先確認帳戶狀態；使用機構登入的使用者，還需按官方指南檢查個人帳戶與機構帳戶的關聯方式。
線上匯入不直接支援組庫。可以先把相關組條目複製到個人庫中的分類，再匯入並重建 Zotero 組內的組織關係。處理團隊資料前，應與共同維護者確認範圍，並保留原組庫。
3. 逐項驗收，不以“匯入完成”作為終點
| 內容 | 你要確認的問題 |
|---|---|
| 記錄 | 標題、作者、年份、DOI 與條目型別是否正確 |
| 資料夾 | 研究主題的層級和成員是否符合預期 |
| 能否直接開啟；換裝置後是否仍然可用 | |
| 批註與筆記 | 高亮、便籤與 Notebook 是否各自保留了必要內容 |
| 寫作連線 | 文件裡的舊引用能否由目標外掛識別與重新整理 |
對於未按預期匯入的條目，先用少量記錄復現，再參考當前版本的匯入文件和論壇答覆。不要在沒有驗證前刪除原庫，或讓同一批內容重複匯入多次。
4. 根據 Word 外掛型別處理舊稿
這一步必須區分舊 Desktop 引用和 Mendeley Cite 引用：
- 舊 Mendeley Desktop 外掛插入的引用：透過 Zotero 內建的 Mendeley 匯入器遷入文獻後，Zotero 的 Word 與 LibreOffice 外掛可以讀取舊引用，並將其重新關聯到匯入的條目。該流程不同於單純的 RIS 或 BibTeX 匯入；操作後仍需在文件副本上測試重新整理。
- Mendeley Cite 插入的引用：Zotero 無法讀取這類引用欄位，匯入文獻庫後仍需單獨處理舊稿引用。
這一差異見 Zotero 匯入指南中的引用相容說明及現有文件引用的處理說明。
若屬於後一種情況，可以讓舊稿繼續使用 Mendeley Cite；如果必須轉移，就在副本中分段重建 Zotero 引用，並核對頁碼、前後綴、合併引用和參考文獻表。解除欄位只會留下普通文字，不會替你完成重關聯。
Word 外掛與引用格式：看你實際使用的寫作環境
Zotero 官方支援 Word、LibreOffice 和 Google Docs 等整合；Mendeley Cite 則是面向 Microsoft Word 的載入項。具體 Word 和作業系統版本需要分別核對。Zotero 整合說明、Mendeley Cite 產品頁
Mendeley Cite 可以從雲端文獻庫取得引用元資料，無需同時開啟或安裝舊 Mendeley Desktop。Mendeley 官方使用說明
選擇前，建議拿同一個小型寫作任務測試兩套工具：
- 引用兩篇同年同姓作者的論文，觀察消歧結果。
- 在一處放多篇文獻，再增加頁碼或字首。
- 切換目標期刊樣式，檢查腳註、作者列表和期刊縮寫。
- 讓一位合作者接手檔案，測試繼續編輯與重新整理。
如果某一步只能由你本人在一臺電腦上完成，就應先解決協作條件，而不是只比較個人操作速度。
AI 能力：Mendeley 已有官方功能，Zotero 可以擴充套件
Mendeley 的官方 AI 與方案邊界
Mendeley 定價頁列有 Reading Assistant，並在更高檔方案中列出 Ask My Library、Compare Experiments 等能力。免費方案提供 2 GB 個人儲存空間。官方定價頁列有 5 次 Reading Assistant 提問，具體可用資格與剩餘額度以帳戶當前顯示為準，不應理解為每月自動恢復的額度。更多 AI 能力按付費方案區分。Mendeley 當前方案
決定是否升級時，先看你需要的是單篇閱讀輔助、跨庫問題，還是研究之間的比較；再確認對應權益是否包含在帳戶方案中。
Zotero 的擴充套件路線與 BibGenie
如果你希望保留 Zotero 文獻庫，可以再選擇與研究任務匹配的 AI 外掛。我們開發的 BibGenie支援在 Zotero 中圍繞論文和筆記提問、透過 OpenAlex 發現相關研究，並協助整理文獻庫。回答附有來源引用時，可以回到材料核對，而不是僅憑生成內容判斷論文結論。
使用第三方外掛時，需要另看外掛方案、模型設定與資料流向。使用自己的 API Key 也不等於免費推理，費用由所用模型服務和方案決定。配置入口見 BibGenie 安裝指南。
試用時可以提問：“這篇論文的主要侷限是什麼，分別對應哪些原文依據？”檢查回答是否準確、來源是否容易核對，以及整個過程需要多少操作。
更多閱讀、翻譯、筆記和 LaTeX 擴充套件見 Zotero 外掛推薦。
常見問題
下一步：在一篇新稿和一份舊稿上分別驗證
新稿可以幫助你比較操作習慣，舊稿可以暴露遷移成本。分別測試這兩種場景，才能決定是整個文獻庫一起搬家，還是先讓新專案使用新工具。
若還在比較 EndNote，閱讀 EndNote vs Zotero；希望瞭解更多免費、試用和機構授權方案，閱讀文獻管理軟體選擇指南。