EndNote vs Zotero：2026 年科研文獻管理怎麼選？
EndNote 和 Zotero 怎麼選？比較授權費用、Word 引用與 AI 功能，說明 EndNote XML 匯出、PDF 附件遷移，以及舊稿引用不能自動轉換時的處理方法。
選 EndNote 還是 Zotero，最容易被忽略的問題是：你是在給下一個專案選工具，還是準備把已經寫到一半的論文搬過去？
前一種選擇主要看工作習慣、協作與預算；後一種還要考慮附件路徑、文獻分組，以及 Word 中已有的引用欄位。一個文獻庫能成功匯入，不代表舊論文就能直接交給新工具繼續編輯。
如果你正比較 EndNote vs Zotero，下面先給選擇建議，再重點講從 EndNote 遷移到 Zotero 時最值得提前處理的幾件事。
關於本文
本文由 BibGenie 團隊撰寫，BibGenie 是我們開發的 Zotero AI 外掛。比較依據為產品官方文件與社群討論，未進行統一環境下的效能實測。
先看結論：EndNote 和 Zotero 分別適合誰？
| 你的情況 | 更值得優先考慮 | 原因 |
|---|---|---|
| 剛開始長期積累文獻，沒有既定工具 | Zotero | 核心軟體免費，適合先建立文獻庫、閱讀和引用流程 |
| 課題組統一使用 EndNote，學校提供許可和培訓 | EndNote | 現有協作方式與本地支援能省下實際溝通成本 |
| 經常使用 Linux，或在多種寫作工具間切換 | Zotero | 提供 Linux 版本，並支援 Word、LibreOffice 和 Google Docs 整合 |
| 有一篇大量使用 EndNote 引用的在投稿件 | 暫時保留 EndNote | 完成稿件通常比此時更換整套引用系統更重要 |
| 希望圍繞 Zotero 配置外掛和 AI 工作流 | Zotero | 可按閱讀、筆記、檢索、LaTeX 等任務增加擴充套件 |
| 希望使用軟體自帶的文件 AI 助手 | EndNote 2025 | 提供官方 Research Assistant，使用權益取決於版本與授權 |
新專案可以優先試 Zotero；已經執行順暢的 EndNote 團隊，應先評估遷移與協作成本。 學校的許可、培訓和合作者使用的工具，都會影響實際投入的時間。
價格：EndNote 到底要花多少錢？
先區分個人購買、升級與機構授權
EndNote 2025 的個人購買選項包括新購、升級和學生許可，官方購買頁標註為一次性購買。實際售價因地區、購買資格和許可型別而異，機構採購需另行詢價。
機構許可包括永久多使用者許可與按期訂閱：前者不自動包含未來大版本，後者按合同期限提供相應權益。學校提供的使用權與個人購買的許可也可能有不同的離校政策。EndNote 官方許可說明
購買或申請機構許可前，先確認：
- 學校提供的是什麼版本，是否包含你想使用的 AI 功能？
- 個人需要支付新購、升級還是訂閱費用？
- 畢業、離職或學校停止採購後，哪些權益會改變？
- 合作者能否開啟、重新整理和繼續編輯同一份論文？
價格入口見 EndNote 官方購買頁。具體報價應以對應地區和資格的結算結果為準。
Zotero 的免費邊界：軟體、文獻資料與附件同步
Zotero 的核心軟體與引用功能免費，常見支出是官方附件雲端儲存。
Zotero Storage 的免費額度為 300 MB；付費檔為 2 GB 每年 20 美元、6 GB 每年 60 美元、無限空間每年 120 美元。這些額度針對雲端附件儲存，本地 PDF 容量取決於電腦的磁碟空間。Zotero Storage 官方價格
如果主要在一臺電腦上工作，可以先確認自己究竟需不需要附件跨裝置同步；如果經常在電腦和平板之間閱讀，或讓團隊共同存取 PDF，就應把附件儲存納入預算。資料同步與檔案同步的區別見 Zotero 同步說明。
更合理的成本比較是：軟體授權、附件同步、團隊支援和遷移時間加起來，各自要付出多少？
從 EndNote 遷移到 Zotero：先把文獻庫與論文分開處理
遷移可以拆成四個物件：文獻記錄、PDF 附件、分組與筆記、Word 引用。它們不是同一份資料，也不一定透過同一個步驟遷移。
建議先選一小批具有代表性的條目做試遷移，包括中文作者、多作者論文、書籍章節、自訂欄位和帶批註的 PDF。先發現問題，再處理整個庫，返工會少得多。
第一步：備份原庫，再選擇 XML 匯出
保留 EndNote 庫及其關聯資料資料夾的完整副本，同時另存正在使用的 Word 文件。備份應能恢復到遷移前的狀態，單獨儲存一份參考文獻列表不夠。
Zotero 官方推薦的 EndNote 匯入格式是 EndNote XML，不能直接把 .enl 庫檔案交給 Zotero 匯入。RIS 可作為某些場景的交換格式，但第一次完整搬家優先沿用官方 XML 路線。Zotero 的 EndNote 匯入指南
在 EndNote 中開啟“File → Export”，將“Save as type”設為 XML。遷移全庫時，取消勾選“Export Selected References”；只遷移選中條目時才保留勾選。不同語言與版本的選單名稱可能略有差異。
給試遷移檔案和全庫檔案使用不同名稱，並記下各自匯出的條目數，方便後續核對。
第二步：把 XML 與附件路徑放對，再匯入 Zotero
對於帶 PDF 的遷移，關鍵是 XML 相對於附件目錄的位置。按官方指南，將 XML 儲存到對應的 EndNote .Data 資料目錄中，不要放進 PDF 子目錄，並保留原檔案結構。例如：
MyLibrary.Data/
├── exported-library.xml
└── PDF/
└── 原有附件目錄與檔案**macOS 使用者提示：**如果文獻庫儲存為 .enlp 包，可在 Finder 中按住 Control 鍵點選該包，選擇“顯示包內容（Show Package Contents）”，找到其中的 .enl 檔案及對應的 .Data 資料目錄。將上述 XML 匯出到該資料目錄，並保留原附件結構。EndNote 打包文獻庫說明
匯出後關閉 EndNote，再透過 Zotero 的“檔案 → 匯入”選擇 XML。不要只複製 XML 就刪除原資料資料夾。
如果目標 Zotero 庫已有重要資料，先備份，並在驗證期間暫停自動同步。匯入後檢查幾個不同型別的條目，確認標題、作者、年份和 PDF 是否對應，再恢復正常同步。路徑及匯入選單的詳細說明仍以官方匯入指南為準。
第三步：核對分組與特殊欄位
條目總數接近，並不意味著原來的課題分組和自訂欄位都已保留。匯入後還要檢查資訊的組織方式與存放位置。
EndNote 的分組結構需要單獨核對。可以先為關鍵分組記錄成員名單，或逐組匯出，匯入後歸入對應 Zotero 分類。同一文獻可能屬於多個分組，逐組匯入時要檢查並合併重複記錄。Zotero 論壇關於分組遷移的說明
建議做一張自己的驗收表：
| 驗收物件 | 怎麼檢查 |
|---|---|
| 文獻記錄 | 比較條目範圍，抽查 DOI、中文作者、年份與文獻型別 |
| 隨機開啟附件，並檢查多附件條目 | |
| 分類與標籤 | 對照原來的課題分組，檢查一篇文獻屬於多個組的情況 |
| 筆記與自訂資訊 | 對照特殊欄位；Zotero 會將 EndNote XML 中不支援的欄位儲存到帶 _EndnoteXML import 標籤的附屬筆記中，需檢查這些筆記是否保留資訊、能否檢索。匯入說明 |
| 批註 | 開啟有高亮與評論的原 PDF，核對是否保留及能否編輯 |
如果兩邊的條目總數不同，先檢查匯出範圍與計數方式，再按標題或 DOI 查詢缺失項。筆記、附件和文獻記錄可能分別計數。
第四步：Word 中原有的 EndNote 引文怎麼辦？
匯入文獻庫不會把 EndNote 的 Word 引用欄位自動變成 Zotero 引用欄位。 Zotero 論壇：EndNote 文件轉換
建議根據稿件狀態選擇處理方式：
| 稿件狀態 | 更穩妥的處理方式 |
|---|---|
| 接近投稿，現有 EndNote 引用工作正常 | 用 EndNote 完成這一稿，新專案再用 Zotero |
| 初稿階段、引用數量較少 | 在文件副本中逐處替換為 Zotero 引用 |
| 長論文、引用多、含多重引用和特殊定位資訊 | 先試轉一章，確認成本後再決定是否全篇轉換 |
| 引用已變成普通文字 | 根據作者、年份、題名等資訊逐處重建引用 |
若決定逐處替換，可以採用下面的核對順序：
- 儲存保留 EndNote 欄位的原稿，另建遷移副本；必要時另外匯出 PDF，作為版式和編號的對照。
- 先選擇一個包含單篇引用、多篇合併引用、頁碼和腳註的段落試做。
- 在副本中逐處移除舊 EndNote 引用，再用 Zotero 插入對應條目，重新設定頁碼、前後綴等資訊；不要只修改螢幕上顯示的作者與年份。
- 全部引用替換並核對後，移除副本中的舊參考文獻表，再用 Zotero 生成新表。對照原稿檢查條目與引用位置，不要讓兩套工具同時維護同一份稿件。
- 另存、關閉、重新開啟副本，測試重新整理、修改樣式、增加引用和刪除引用，再交給合作者檢查。
特別注意：把欄位解除關聯，得到的只是普通文字，不是完成了轉換。 在保留可恢復副本以前，不要把“解除引用連結”當成遷移的第一步。
指令碼、ODT 掃描等轉換方案對文件格式、引用欄位與執行環境有額外要求。使用前應在副本中測試單篇引用、多篇合併引用、頁碼和腳註，確認都能正確轉換後再處理全文。
匯入失敗或附件丟失，先檢查什麼？
| 現象 | 優先檢查 |
|---|---|
| 匯入條目比預期少 | 匯出範圍是否正確；能否定位具體缺失的標題或 DOI |
| 條目存在，PDF 打不開 | XML 所在目錄、原 PDF 資料夾與附件檔案是否仍可存取 |
| 原來的分組沒有出現 | 匯出檔案是否包含分組資訊，或是否需要在 Zotero 中手動重建 |
| 欄位出現在筆記或其他位置 | 源欄位與目標文獻型別是否匹配 |
| Word 引用仍由 EndNote 管理 | 是否只遷移了文獻庫，還未轉換文件引用欄位 |
把出問題的幾條記錄單獨匯出，在小樣本中復現；到論壇求助時說明軟體版本、匯出格式和最小復現步驟。涉及未發表研究或個人批註時，先檢查提供的樣本里有沒有不適合公開的資訊。
Word 整合與引用格式：誰寫論文更省事？
兩款工具的主要價值都包括在正文插入引用、管理參考文獻表和切換樣式。Zotero 官方提供 Word、LibreOffice 與 Google Docs 整合；具體支援版本應在安裝前核對。Zotero 文字處理器整合
真正決定你是否省事的，經常是三件小事：
- 合作者開啟稿件後，能否繼續維護同一套引用？
- 你需要的文獻型別和期刊格式，能否正確處理？
- 修訂、複製章節、合併稿件後，引用是否還能正常重新整理？
可以給兩款軟體同樣一組實際任務：插入十條引用，混入一本書和一篇中文論文，再切換成目標期刊的樣式。檢查輸出和操作流程，比比較“誰支援更多樣式”更有參考意義。
醫學等格式要求嚴格的學科，還需在應用目標樣式後，核對期刊名縮寫、作者列表截斷規則和文章編號等細節。
Zotero 有 EndNote 那樣的 AI 能力嗎？
EndNote 2025 提供官方 Research Assistant，支援文件問答、翻譯和摘要。使用前需確認帳戶版本與許可包含相應權益。EndNote Research Assistant 官方介紹
Zotero 使用者則可以透過第三方外掛或外部工具擴充套件 AI 工作流。以我們開發的 BibGenie 為例，它在 Zotero 中支援圍繞論文和筆記提問，透過 OpenAlex 發現相關研究，並輔助整理文獻庫；有來源引用的回答可以回到原材料核對。入口見 BibGenie 產品頁與安裝指南。
試用時，可以選一篇熟悉的論文，分別詢問研究問題、方法與侷限，再檢查回答是否有原文依據。結合模型費用、資料流向與操作步驟，判斷哪種方案更適合自己的研究。
如果你已經決定使用 Zotero，可以繼續看 2026 年 Zotero 外掛推薦，按任務增加擴充套件，無需一次裝齊所有外掛。
Zotero、EndNote、Mendeley：三者怎麼放在一起看？
| 維度 | Zotero | EndNote | Mendeley |
|---|---|---|---|
| 費用起點 | 核心軟體免費，官方附件同步有免費額度 | 個人許可或機構授權 | 有免費方案，儲存與 AI 權益分檔 |
| 選擇時的重點 | 擴充套件、寫作整合、長期文獻庫 | 團隊既有流程、許可與版本 | 現有帳戶、附件同步與 Word 外掛型別 |
| AI 路線 | 第三方外掛或外部連線 | 2025 版本提供官方助手 | 當前方案提供官方 AI 功能 |
| 遷移重點 | 接收文獻後仍需核對文件欄位 | 文獻匯出與舊稿引用分開處理 | 舊 Desktop 外掛與 Mendeley Cite 的引用相容性不同 |
Zotero 與 Mendeley 的詳細比較見 Zotero vs Mendeley；希望比較更多免費與機構授權方案，閱讀文獻管理軟體選擇指南。
常見問題
下一步：先遷一組文獻，再決定遷不遷一篇論文
選軟體之前，先判斷現有流程哪裡需要改善。決定遷移以後，先驗證文獻、附件和分組，再處理 Word 引用；對於接近完成的稿件，可以保留 EndNote，把 Zotero 留給下一個專案。
能在重新開啟文件後繼續重新整理、修改和協作，才算遷移驗收透過。