2026年の無料文献管理ツール：おすすめソフトと有料の選択肢

汎用的な無料文献管理ツールならZoteroから。公式クラウドの無料添付容量を重視するならMendeley、LaTeX中心ならJabRef、MacではBibDeskも候補です。

**無料文献管理ツール（free reference manager）**を選ぶ前に、長期ライブラリ、Wordの引用管理、1回限りのレポート用参考文献リストのどれが必要か整理してください。

この3つは同じソフトである必要はありません。無料ソフト、無料クラウド枠、期間限定試用、大学が負担する利用権は異なる費用形態です。

Zotero、Mendeley、JabRef、BibDesk、Paperpile、EndNote、EndNote Fusion、Citaviを比較します。前4つには継続して使える無料の選択肢があり、後4つは購読、購入、機関契約の候補です。

早見表：8つのツールと無料で使える範囲

公式入口：Zotero、Mendeley、JabRef、BibDesk、Paperpile、EndNote、EndNote Fusion、Citavi。AIは後の専用表で比較します。

無料・オープンソース：Zotero、JabRef、BibDesk

1. Zotero：収集・閲覧・引用をつなぐ汎用的な出発点

長期ライブラリと、Web収集、PDF閲覧、原稿引用をつなぎたい方に向いています。まず文献を保存し、メタデータを点検して引用を挿入し、分類・タグ・ノートを徐々に追加できます。

初心者は外部プラグインなしで基本の流れを試してください。翻訳、AI、ノート同期、LaTeXは必要に応じて追加します。一度に多数入れると不具合の原因特定が難しくなります。

基本ソフトは無料で、公式添付同期はクラウド容量別のプランです。 無料300 MB、有料は2 GBが年20米ドル、6 GBが年60米ドル、無制限が年120米ドルです。ローカルPDFはクラウド枠ではなくディスク容量に依存します。Zotero Storage

既存ツールがなく、長期蓄積と拡張の余地がほしいなら候補になります。高度な自動化より先に、バックアップと同期の習慣を整えましょう。

2. JabRef：BibTeX / BibLaTeXを中心に文献管理

JabRefはテキスト形式の書誌データを扱う無料のオープンソース・クロスプラットフォームツールです。BibTeX / BibLaTeXを直接管理したい研究者に向き、.bib中心のLaTeXでは読みやすく持ち出せるファイルが便利です。JabRef公式紹介

.bib整理が中心なら先に試し、Web収集、PDF、ノート、多様な執筆環境も必要ならZoteroと比較してください。

第6版からは、モデルサービスを設定して論文要約と対話ができます。モデル費用やデータ処理は選択した提供元によるもので、無料のソフトライセンスとは別です。JabRef AI文書

3. BibDesk：Mac向けのBibTeX管理

BibDeskはmacOS向けの無料・オープンソース書誌管理ソフトで、文献情報、関連ファイル、リンクを管理し、特にLaTeX向けです。BibDesk公式紹介

Macで長期的にLaTeXを使い、ネイティブのデスクトップツールを求めるなら試す価値があります。

Word中心の方や異なるOSの共同執筆者がいる場合は、まず文書編集・共同作業を検証してから全ライブラリを移してください。

Mendeleyの無料プラン：容量と現行クライアントを確認

4. Mendeley：無料クラウド容量は広め、権限は別に確認

無料プランでは 2 GBの個人用ストレージが提供されます。公式料金ページには Reading Assistantへの質問5回と記載されていますが、利用資格と残りの質問回数はアカウントの現在の表示で確認してください。毎月自動的に回復する枠とは解釈しないでください。追加のAI機能は有料プランによって異なります。現在のMendeleyプラン

2 GBは個人用ストレージであり、グループの共有容量ではありません。 グループストレージには別の制限があり、個人用ストレージをアップグレードしても共有容量は増えません。チームで利用する前に、現在のグループ制限を別途確認してください。無料アカウントと共有容量の説明

添付同期へすぐ課金せず複数端末で同じPDFを読みたい場合、実用的な出発点になります。ライブラリ規模、添付サイズ、アカウント、チーム環境を比較しましょう。

ネットの体験談には旧Desktop由来のものも多く、現行Reference ManagerとWordのCiteは別の構成要素です。手順や互換性、書き出しは版を合わせてください。2025年の公式発表では、旧Desktopは必要な保守を継続しますが、新機能開発は行いません。公式保守方針

無料枠、引用互換性、移行は Zotero vs Mendeleyで詳しく解説しています。

有料の候補：購読、個人ライセンス、機関契約

5. Paperpile：ブラウザとGoogle Docsを重視する方へ

ブラウザで資料を集め、Google Docsで書く方に向きます。Word、モバイル、BibTeX関連の連携もあります。

30日間の無料試用後は購読が必要です。学術割引の月額換算はRegularが4.15米ドル、Expertが5.75米ドルで、いずれも年払いです。資格、税金、必要機能を購入前に確認してください。公式料金

試用期間には、実際の文献10件の収集、整理、引用、共同修正まで試し、外観だけで判断しないことを勧めます。

6. EndNote：機関契約と共同作業が整っている場合

研究室が使い、大学がライセンス、講習、支援を提供していれば、引用の問題をすべて一人で調べる必要はないかもしれません。組織環境も価値の一部です。

新規購入、更新、機関利用では費用構造が異なり、機関ライセンスにも種類があります。提供版、アップグレード、離校後の権限を確認してください。公式ライセンス文書

学校の利用権は個人負担を減らせますが、期間と特典は契約次第です。既に長い原稿があるなら引用変換の時間も移行費用に含めます。

料金と移行の詳細は EndNote vs Zoteroをご覧ください。

7. EndNote Fusion（旧RefWorks）：大学が提供する現行サービスを確認

EndNote Fusion（旧RefWorks）は、主に機関購読で提供されます。RefWorksの名称変更後のサービスであり、EndNote Desktopとは別の製品です。現在のアクセス先、利用権、EndNote Desktopとのデータ互換性を図書館で確認してください。公式の名称変更案内

図書館が授業、データベース取り込み、執筆支援をこの環境で整えているなら試す価値があります。アカウントだけでなく、講習、資料、専用相談先が利用できる場合があります。

長期利用の前に、卒業後のアカウント、添付容量、書き出し、執筆ツールを確認し、重要資料は独立したバックアップも保持します。

8. Citavi：文献と知識の整理を組み合わせる

Citaviは文献に加え、知識項目、構成案、執筆整理を組み合わせ、読書中から抜き書きを論証へ結び付けたい方に向きます。公式AI機能には論文の要点、段落要約、論文検索があり、個人・機関向けのライセンスがあります。公式製品情報

試用期間と利用範囲は版・契約に従います。DesktopとWebを選ぶ際はシステムと執筆連携を確認してください。

「多く読んだが章に整理できない」場合は検討に値します。引用挿入だけが目的なら、最初から複雑な知識整理は不要かもしれません。

研究者のタイプ別に選ぶ

学部生・授業レポート：まず引用の流れを身に付ける

継続して管理するならZoteroかMendeleyの基本から。1回限りの少数の参考文献には無料の ZoteroBibも使えます。

ZoteroBibはリスト生成向きです。本文で引用の追加・削除、番号と参考文献表の更新を繰り返すなら、執筆連携のある管理ソフトを選びます。

修士・博士・長期レビュー：持ち出しと共同作業を優先

PDFだけでなく分類、注釈、ノート、原稿との関連が重要です。実資料で読み込み、書き出し、バックアップ、復元を試してから大量に移します。

Zotero・Mendeleyと、大学が提供するEndNote・EndNote Fusion・Citaviを比較できます。システマティックレビューでは検索記録、スクリーニング判断、抽出手順も別途整えます。文献管理ツールだけでレビューの監査証跡すべてが揃うわけではありません。

LaTeX / Markdown：引用キーと更新・ファイル保守を確認

JabRef、BibDesk、対応拡張付きZoteroを比較し、引用キーの安定性、変更反映、共同.bibの競合解決を確認します。

Better BibTeXなどは Zoteroプラグイン紹介へ。LaTeXを使っても既存の読書やノート習慣を捨てる必要はなく、両者の更新方法を明確にしましょう。

医学など書式要件の厳しい分野：投稿先のスタイルで試す

実際のスタイルで多数著者、雑誌略記、DOI、論文番号、資料種別を試します。共同執筆者の環境や学内支援も評価に含めてください。

出力はメタデータ、スタイル、投稿規定によります。ソフト選択では書式と共同作業の両方を見ます。

有料から無料へ移る前に：残したい情報を整理する

今後の利用料を減らせても、移行には一時的な作業が必要です。レコード、添付、分類、ノート、Wordフィールドの移行経路は別の場合があります。

Zoteroへ移すと決めた方は以下をご覧ください。

• EndNote → Zotero：XML、添付パス、Word引用。
• Mendeley → Zotero：オンライン取り込み、注釈、2世代のWordプラグイン。

他のツールでも少数を出力し、移行先で開いて必要情報が保たれるか確認します。提出間近の稿は旧ツールで継続し、次の研究で新ツールを試す方法もあります。

AI比較：内蔵アシスタント・プラグイン・外部連携

AIの用途は単論文の読解、庫内質問、研究発見、整理などです。先に作業を決め、モデル、費用、出典確認を比較しましょう。

資料：EndNote Research Assistant、Mendeley、JabRef AI、Paperpile連携発表、Citavi。

ZoteroでAIワークフローを追加するなら、私たちの BibGenie を試せます。論文・ノートの文脈で質問し、OpenAlexで研究を発見し、文献整理を支援します。導入ガイドをご覧ください。Zotero内にインストールし、既存の文献庫を使います。

候補に同じ既知の論文を与え、次を尋ねてください。

1. 研究対象、方法、主な限界は何か。
2. 回答の主要な判断は原文のどこで裏付けられるか。
3. 情報不足を認めるか、それとも整った回答を生成し続けるか。

費用、待ち時間、アプリ切り替え、出典検証の容易さも記録し、同じ課題の結果と負担を比較します。

試用の確認表：長期利用を判断する5段階

2つの候補で同じ資料を使い、収集、閲覧、執筆、共同作業、書き出しを試します。

よくある質問

次の一歩：実資料で研究の流れを一通り試す

合いそうな2つに同じ資料を入れ、収集から執筆、書き出し、復元まで確認します。

Zoteroが有力なら Zoteroプラグイン紹介で、閲覧・翻訳・ノート・AIを作業に応じて選べます。基本を整えてから機能を加えるほうが、長期的に保守しやすくなります。