Zotero vs Mendeley：2026 年该选哪款文献管理工具？
比较 Zotero 与 Mendeley 的免费额度、Word 插件、AI 功能和数据迁移，结合社区反馈解释 Elsevier 归属与文献库退出成本。
Zotero 和 Mendeley 都能免费开始使用：前者适合重视插件扩展与长期文献库的研究者，后者提供更大的免费官方云端存储空间。 已有稿件的用户，还要先确认 Mendeley 客户端和 Word 插件的版本，因为它们直接影响迁移方式。
Mendeley Desktop、Mendeley Reference Manager 和 Mendeley Cite 的导出方式与引用兼容性不同，需要分别看待。选择 Zotero 时，则应把官方附件同步额度计入使用成本。
这篇 Zotero vs Mendeley 对比按免费边界、数据可迁移性、写作集成和 AI 工作流展开，帮助你判断该选哪款，以及是否值得迁移。
关于本文
本文主要比较 Zotero 与 Mendeley Reference Manager，并单独说明旧版 Desktop 的差异。内容依据官方文档与社区讨论，未进行统一环境下的性能实测。本文由 BibGenie 团队撰写，BibGenie 是我们开发的 Zotero AI 插件。
先看结论：谁适合 Zotero，谁可以继续用 Mendeley？
| 你最在意什么 | 先考虑哪款 | 需要一起确认的条件 |
|---|---|---|
| 长期积累文献，重视扩展和数据控制 | Zotero | 同时规划附件同步、备份与插件维护 |
| 希望免费方案提供更多官方云端附件空间 | Mendeley | 免费方案含 2 GB 个人存储空间，AI 与协作权益另按方案区分 |
| 已有成熟 Mendeley 协作流程 | 先保留 Mendeley | 用一份真实稿件测试后再决定是否迁移 |
| 使用 LibreOffice 或多种写作工具 | Zotero | 提供 Word、LibreOffice 和 Google Docs 集成 |
| 论文已经大量使用 Mendeley Cite | 先保留原稿的引用工具 | Zotero 无法读取 Cite 引用字段，文档需单独处理 |
| 希望在 Zotero 内配置 AI 阅读、检索与整理 | Zotero 加相应插件 | 将插件和模型服务费用单独评估 |
新建长期研究库可以优先试 Zotero；已有稳定 Mendeley 工作流的用户，可以先在新项目中试用 Zotero，再评估是否迁移旧库与旧稿。
免费方案对比：软件、云端空间与 AI 权益
免费文献管理与附件同步是两回事
Zotero 和 Mendeley 都能让用户以零软件费用开始管理文献，但免费权益的结构不同。
| 项目 | Zotero | Mendeley |
|---|---|---|
| 核心文献管理 | 免费使用 | 有免费方案 |
| 官方免费云端文件空间 | 300 MB | 2 GB 个人存储 |
| AI 功能与费用 | 通过插件扩展，费用取决于插件与模型服务 | Reading Assistant 可用资格与剩余额度以账户显示为准；更多能力按方案区分 |
2 GB 指个人存储空间，不是群组共享空间。 Mendeley 对群组存储另设限制，升级个人存储也不会增加共享空间。团队使用前应单独核对当前群组限制。免费账户与共享空间说明
存储与 AI 权益详见 Zotero Storage 和 Mendeley Pricing，购买前请确认所需方案的额度与计费方式。
如果你的目标是“把同一批 PDF 放在多台设备上随时阅读”，Mendeley 的免费空间确实更宽裕。若主要在本地电脑工作，单看云端容量就无法判断哪款更合适。
迁移后还要单独测试附件同步：在另一台设备上打开几篇 PDF，确认文件已完整上传。条目出现在文献库中，不等于对应附件已经同步完成。
一个实用的容量判断方法
先拿一批自己平时阅读的文献，查看 PDF 及补充材料的实际大小，再确认哪些附件需要跨设备。扫描书籍、图片较多的论文和补充数据，与普通文本 PDF 的体积差别很大，不能只用“能存多少篇论文”比较套餐。
对课题组，还需要核对共享文献和个人文献分别怎么计费、成员离组后怎么处理，以及谁负责维护附件。个人免费额度更大，不自动等于团队协作更合适。
Mendeley 的 Elsevier 归属，真正影响什么？
从公司归属看账户与数据依赖
Mendeley 于 2013 年宣布加入 Elsevier。Mendeley 的收购公告
选择长期使用的研究工具时，除了公司背景，还应了解账户、数据与写作流程对平台的依赖：
- 文献和 PDF 存在哪，哪些任务依赖云端账户？
- 关闭账户、换学校或遇到登录问题时，有哪些恢复路径？
- 文献、批注、笔记、文件夹能否分别导出？
- 一份论文能否在更换插件后继续维护引用？
这些检查也适用于其他商业平台。账户恢复、导出范围和离线访问能力，比公司归属更能直接反映迁移成本。
先区分三个容易混淆的名称
| 名称 | 指什么 | 为什么要区分 |
|---|---|---|
| Mendeley Desktop | 旧版桌面客户端 | 网上不少教程和功能印象来自这一代产品 |
| Mendeley Reference Manager | 当前的文献管理客户端 | 使用与旧版不同的操作、导出和同步流程 |
| Mendeley Cite | 面向 Word 的引用加载项 | 它生成的文档字段与旧 Desktop 插件不同 |
Mendeley 在 2025 年宣布，Desktop 不再开发新功能，但继续提供必要维护，包括关键安全修复。Mendeley 对 Desktop 的维护说明
查找教程或故障解决方法时，应确认资料对应的是 Desktop、Reference Manager 还是 Cite，以及所用版本。
数据出口：记录、PDF、批注和笔记分别检查
RIS、BibTeX 等交换格式主要传递文献记录。Zotero 的 Mendeley 导入说明指出，这些格式不包含完整的文件夹、字段和 PDF 批注信息；需要迁移这些内容时，应优先测试内置的在线导入。Zotero 的 Mendeley 导入说明
这份指南也记录了 Mendeley 对本地数据库加密后，原有本地导入方式受到限制的变化。当前在线导入要求先把数据和附件同步至 Mendeley 服务器。因此，可导出文献记录，不等于能在离线状态下完整迁出研究库。试迁移时应同时检查账户能否登录、附件是否上传，以及研究材料是否允许使用相应云服务。
如果批注是你的主要研究积累，可以另外测试导出带批注的 PDF：在条目的“Info → Files”中打开文件的三点菜单，选择“Export PDF with annotations”。但“批注能在 PDF 上看见”与“迁入后成为新软件可编辑的批注对象”，仍然需要分别验证。Mendeley：导出带批注的 PDF
Notebook 笔记、PDF 高亮与便签需要分别验收。Zotero 论坛中有用户反馈，高亮和便签已迁入，但 Notebook 内容未完整出现。批注与 Notebook 迁移讨论
正式迁入整个文献库前，先用一小批资料测试导出与恢复。 尤其要确认重要批注和笔记能否保留。
从 Mendeley 迁移到 Zotero：按这四个阶段做
1. 先记录来源与文档状态
记下客户端版本、Word 版本及加载项名称。再选一份包含页码、多篇合并引用和参考文献表的稿件，另存副本，作为迁移后的对照。
同时列出最重要的几类内容：哪些文件夹必须保留，哪些 PDF 有批注，哪些 Notebook 里有读书记录。这个清单决定你后面要验收什么。
2. 优先测试 Zotero 内置的在线导入
先确认源库的资料和附件已同步并可在 Mendeley 在线访问；更新 Zotero 后，在“文件 → 导入”中选择 Mendeley 在线导入入口，按界面完成授权。详细操作与已知问题见官方指南。
在线导入需要可用的 Mendeley 账户与服务授权。遇到登录问题时，先确认账户状态；使用机构登录的用户，还需按官方指南检查个人账户与机构账户的关联方式。
在线导入不直接支持组库。可以先把相关组条目复制到个人库中的分类，再导入并重建 Zotero 组内的组织关系。处理团队资料前，应与共同维护者确认范围，并保留原组库。
3. 逐项验收，不以“导入完成”作为终点
| 内容 | 你要确认的问题 |
|---|---|
| 记录 | 标题、作者、年份、DOI 与条目类型是否正确 |
| 文件夹 | 研究主题的层级和成员是否符合预期 |
| 能否直接打开；换设备后是否仍然可用 | |
| 批注与笔记 | 高亮、便签与 Notebook 是否各自保留了必要内容 |
| 写作连接 | 文档里的旧引用能否由目标插件识别与刷新 |
对于未按预期导入的条目，先用少量记录复现，再参考当前版本的导入文档和论坛答复。不要在没有验证前删除原库，或让同一批内容重复导入多次。
4. 根据 Word 插件类型处理旧稿
这一步必须区分旧 Desktop 引用和 Mendeley Cite 引用：
- 旧 Mendeley Desktop 插件插入的引用：通过 Zotero 内置的 Mendeley 导入器迁入文献后，Zotero 的 Word 与 LibreOffice 插件可以读取旧引用，并将其重新关联到导入的条目。该流程不同于单纯的 RIS 或 BibTeX 导入；操作后仍需在文档副本上测试刷新。
- Mendeley Cite 插入的引用：Zotero 无法读取这类引用字段，导入文献库后仍需单独处理旧稿引用。
这一差异见 Zotero 导入指南中的引用兼容说明及现有文档引用的处理说明。
若属于后一种情况，可以让旧稿继续使用 Mendeley Cite；如果必须转移，就在副本中分段重建 Zotero 引用，并核对页码、前后缀、合并引用和参考文献表。解除字段只会留下普通文本，不会替你完成重关联。
Word 插件与引用格式：看你实际使用的写作环境
Zotero 官方支持 Word、LibreOffice 和 Google Docs 等集成；Mendeley Cite 则是面向 Microsoft Word 的加载项。具体 Word 和操作系统版本需要分别核对。Zotero 集成说明、Mendeley Cite 产品页
Mendeley Cite 可以从云端文献库取得引用元数据，无需同时打开或安装旧 Mendeley Desktop。Mendeley 官方使用说明
选择前，建议拿同一个小型写作任务测试两套工具：
- 引用两篇同年同姓作者的论文，观察消歧结果。
- 在一处放多篇文献，再增加页码或前缀。
- 切换目标期刊样式，检查脚注、作者列表和期刊缩写。
- 让一位合作者接手文件，测试继续编辑与刷新。
如果某一步只能由你本人在一台电脑上完成，就应先解决协作条件，而不是只比较个人操作速度。
AI 能力：Mendeley 已有官方功能，Zotero 可以扩展
Mendeley 的官方 AI 与方案边界
Mendeley 定价页列有 Reading Assistant，并在更高档方案中列出 Ask My Library、Compare Experiments 等能力。免费方案提供 2 GB 个人存储空间。官方定价页列有 5 次 Reading Assistant 提问，具体可用资格与剩余额度以账户当前显示为准，不应理解为每月自动恢复的额度。更多 AI 能力按付费方案区分。Mendeley 当前方案
决定是否升级时，先看你需要的是单篇阅读辅助、跨库问题，还是研究之间的比较；再确认对应权益是否包含在账户方案中。
Zotero 的扩展路线与 BibGenie
如果你希望保留 Zotero 文献库，可以再选择与研究任务匹配的 AI 插件。我们开发的 BibGenie支持在 Zotero 中围绕论文和笔记提问、通过 OpenAlex 发现相关研究，并协助整理文献库。回答附有来源引用时，可以回到材料核对，而不是仅凭生成内容判断论文结论。
使用第三方插件时，需要另看插件方案、模型设置与数据流向。使用自己的 API Key 也不等于免费推理，费用由所用模型服务和方案决定。配置入口见 BibGenie 安装指南。
试用时可以提问：“这篇论文的主要局限是什么，分别对应哪些原文依据？”检查回答是否准确、来源是否容易核对，以及整个过程需要多少操作。
更多阅读、翻译、笔记和 LaTeX 扩展见 Zotero 插件推荐。
常见问题
下一步：在一篇新稿和一份旧稿上分别验证
新稿可以帮助你比较操作习惯，旧稿可以暴露迁移成本。分别测试这两种场景，才能决定是整个文献库一起搬家，还是先让新项目使用新工具。
若还在比较 EndNote，阅读 EndNote vs Zotero；希望了解更多免费、试用和机构授权方案，阅读文献管理软件选择指南。